Nel 1283 le monache si trasferirono dalla sede originaria, collocata fuori le antiche mura della città, in un nuovo monastero interno ad esse, realizzato su di una roccia che sporge sulla Gravina a ridosso della porta orientale della città; questo complesso è conosciuto come Santa Lucia alla Civita. La chiesa è andata distrutta mentre il monastero, recentemente restaurato, è in buono stato di conservazione; tra gli elementi che lo compongono spicca il portale rinascimentale. Le monache abbandonarono questa sede verso la fine del Settecento, a causa delle dure condizioni ambientali in cui vivevano. La nuova chiesa e il nuovo monastero furono realizzati sul Piano accanto alla Fontana Ferdinandea, di qui la denominazione Santa Lucia alla Fontana. L'accesso alla chiesa è mediato da una scalinata restaurata in anni recenti. La facciata presenta elementi decorativi molto semplici; è divisa in due parti da un cornicione marcapiano: nella parte superiore vi è una vetrata abbellita da un arco mistilineo che richiama l'estremità della facciata stessa. Nella parte inferiore una nicchia che ospita una statua raffigurante San Benedetto è collocata sopra il portale. Il campanile riprende i motivi decorativi della facciata. L'interno è ad una sola navata, comprende quattro altari e diverse opere di notevole pregio e fattura. La definitiva chiusura del monastero risale al 1938, anno in cui si spense l'ultimo membro di questa comunità; la chiesa continua ancora oggi a svolgere le proprie funzioni liturgiche.